Vorsitzender des Vorstands ist Apostel Matthias Pfützner. Er vertritt als Kirchenpräsident die Kirche nach innen und außen.
Am 22. September 2024 beauftragte Stammapostel Jean-Luc Schneider den bisherigen Bezirksapostelhelfer Thomas Deubel als Bezirksapostel für den Bezirksapostelbereich Schweiz. Er ist Vorsitzender des Vorstands und vertritt als Kirchenpräsident die Kirche nach innen und aussen.
Thomas Deubel wurde am 21. Februar 1964 geboren. Er ist verheiratet, wohnt in Ipsach und hat gemeinsam mit seiner Frau Margarete zwei Kinder.
Er betreut die Gemeinden in den sieben Kirchenbezirken in Österreich. Zusätzlich betreut er die Gebietskirchen Slowenien, Tschechien, Ungarn und in der Schweiz die Gemeinden in den Bezirken Graubünden, St. Gallen und Wil.
Apostel Pfützner ist der Kirchenpräsident der Neuapostolischen Kirche in Österreich. Unterstützt wird er dabei durch den ständigen Vertreter des Kirchenpräsidenten Hirte Walter Hessler, welcher die Kirche in den Beziehungen zu den anderen Kirchen und Religionsgesellschaften sowie gegenüber den staatlichen Organen der Republik Österreich vertritt.
Der Vorstand der Neuapostolischen Kirche Österreich setzt sich zusammen aus dem Kirchenpräsidenten Apostel Matthias Pfützner, dem ständigen Vertreter des Kirchenpräsidenten Hirte Walter Hessler, sowie Bezirksältestem Hans-Jürgen Brunner und Bezirksältestem Michael Wall.
Rechtliche Grundlage der Neuapostolische Kirche in Österreich bilden die Verfassung.