Damit die Kirche ihren Auftrag erfüllen kann, braucht sie ein rechtlich, organisatorisch und administrativ geordnetes Umfeld. Die Erfüllung des Sendungsauftrags verlangt nach seelsorgerischen und unterstützenden Leistungen. Diese Leistungen werden durch freiwillige Geld-, Zeit- und Engagementsopfer der Kirchenmitglieder erbracht. Damit die Opfer optimal eingesetzt werden können, wird großer Wert auf eine schlanke und effiziente Verwaltung gelegt.

In allen organisatorischen, baulichen und finanziellen Belangen ist die Verwaltung Wien die erste Ansprechadresse der Neuapostolischen Kirche Österreich. Unterstützt wird sie in ihren Aufgaben durch die Verwaltung des Bezirksapostelbereiches Markus Fehlbaum, welche ihren Sitz in Zürich hat.

Die Neuapostolische Kirche Österreich ist mit Verordnung des Bundesministers für Unterricht und Kunst vom 25. September 1975 (BGBL.180/1975) eine der 13 in Österreich staatlich anerkannten Kirchen und Religionsgesellschaften. Sie ist eine christliche Kirche und versteht sich wie alle Neuapostolischen Gebietskirchen als Teil der weltweiten Neuapostolischen Kirche. Sitz der Kirche ist Wien.

Der Unterricht im Fach "Religion neuapostolisch" ist durch die entsprechenden Bundesgesetze der Republik Österreich geregelt.

Oberstes Organ der Neuapostolischen Kirche in Österreich ist die Landesversammlung. Sie besteht aus dem Kirchenpräsidenten der Neuapostolischen Kirche in Österreich, sowie aus den Bischöfen und den Bezirksämtern, das sind die Bezirksältesten und Bezirksevangelisten.

Die Jahresrechungen der Neuapostolischen Kirche in Österreich und ihrer gemeinnützigen Hilfsorganisation humanitas werden durch eine unabhängige Revisionsstelle geprüft.