Als Reaktion auf die Folgen der Französischen Revolution (1789–1793) kam es zu Beginn des 19. Jahrhunderts in vielen religiösen Kreisen Europas zu einer Wiederbelebung und Intensivierung des Geisteslebens. In verschiedenen christlichen Kirchen (römisch-katholische Kirche, evangelische Kirchen, anglikanische und presbyterianische Kirche) bildeten sich Gebets- und Bibelkreise. Gläubige Christen beteten um die erneute Ausgießung des Heiligen Geistes und die erneute Sendung von Aposteln.
Durch Weissagungen aus dem Heiligen Geist wurden ab 1832 die ersten Apostel und weitere kirchliche Amtsträger gerufen. Es entstanden die ersten Gemeinden des neuen apostolischen Glaubens in England, und zwar in Albury und London.
Der Rufung des ersten Apostels (John Bate Cardale, 1832) folgten bis 1835 elf weitere Rufungen. Nach einer Vorbereitungszeit zogen diese zwölf Apostel 1840 in die ganze Welt, um das Evangelium neu zu verkündigen. Von der zweiten Hälfte des 19. Jahrhunderts an entwickelte sich aus diesen Anfängen die Neuapostolische Kirche.
Um bei der zunehmenden Zahl an Gläubigen, Gemeinden und Aposteln die Einheit zu erhalten, wählten die Apostel 1895 einen aus ihrer Mitte, den so genannten Stammapostel, der die Neuapostolische Kirche leiten sollte. Dies förderte die segensreiche Entwicklung der Gemeinden und führte zu einem starken inneren und äußeren Wachstum.

Missionsversuche in Österreich blieben zwischen 1880 und 1920 wegen eines staatlichen Verbotes erfolglos.
Nach dem Ersten Weltkrieg, mit der Gründung der Ersten Republik wurden die rechtlichen Grundlagen für ein öffentliches Wirken der Neuapostolischen Kirche in Österreich geschaffen.
Bereits 1921 gab es erste Mitglieder in Wien, später wurden auch Gemeinden in Innsbruck, Linz und Graz gegründet. Im Jahr 1936 wurden die österreichischen Gemeinden zum „Kirchenbezirk Österreich“ zusammengefasst, welcher ab 1938 schon einzelne „Bezirke“ (Graz, Linz und Dornbirn) aufwies.
Nach dem Zweiten Weltkrieg setzte sich das Wachstum fort (eigene „Kirchen-Bezirke“ in Innsbruck, Salzburg und Wien). 1955 wurde als erster österreichischer Apostel Dipl.-Ing. Max Gurtner aus Wien (bis 1972) ordiniert.
Unter Bischof Franz Janda aus Wien wurde die Religionsgemeinschaft als Neuapostolische Kirche1975 in Österreich staatlich anerkannt.

1981 wurde mit Mag. Rudolf Kainz aus Linz neuerlich ein Apostel für Österreich ordiniert. Er ist der gegenwärtige Kirchenpräsident der Neuapostolischen Kirche Österreich und wird in seiner Tätigkeit von den beiden Bischöfen Mag. Josef Bleckenwegner und Jürgen Müller unterstützt.